Dr. Öğr. Üyesi Musa AYDIN
Dr. Öğr. Üyesi Musa AYDIN

Dr. Öğr. Üyesi Musa AYDIN
Dr. Öğr. Üyesi Musa AYDIN

Akademik CV İletişim

Yöksis
 
Web of Science
Scopus
 
Biyografi

2010 yılında Marmara Üniversitesi - Bilgisayar Kontrol bölümünde Lisans eğitimini, 2012 yılında Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bilgisayar Kontrol Teknolojisinde yüksek lisans eğitimini tamamlamıştır. 2020 yılında Marmara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Bilgisayar Mühendisliği Bölümünde doktora eğitimini tamamlamıştır. 2011 - 2014 yılları arasında İstanbul Aydın Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümünde Öğretim görevlisi olarak çalışmıştır. 2022-2023 Yılları arasında, 1 yıl süre ile, University of California, Los Angeles (UCLA)' ta TUBITAK Bursiyeri olarak, Deep Learning Microscopy, Computational Imaging konularında Doktora sonrası araştırmacı olarak çalışmıştır. 2014 yılından itibaren, Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümünde çalışmasına devam etmektedir. 

Çalışma Alanları: Deep Learning, Yapay Zeka, Görüntü İşleme, Paralel Hesaplama - Programlama, Gömülü Sistemler, Hesaplamalı Görüntüleme

Google Scholar(link), Research Gate(link), ORCID(link)

Araştırma Grubu Sayfası

Akademik Kimlik
Öğrenim Durumu
2020
Bilgisayar Mühendisliği
Marmara Üniveritesi

Doktora

2012
Bilgisayar ve Kontrol
Marmara Üniversitesi

Yüksek Lisans

2010
Bilgisayar ve Kontrol / Bilgisayar Müh.
Marmara / Sakarya Üni.

Lisans

Akademik Unvanlar
2023
University of California, Los Angeles-UCLA
Computational Imaging and Microscopy

Post-Doc Researcher

2020
Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi
Bilgisayar Mühendisliği

Dr. Öğr. Üyesi

2015
Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi
Bilgisayar Mühendisliği

Öğretim Görevlisi

2011
Istanbul Aydın Üniversitesi
Bilgisayar Mühendisliği

Araştırma Görevlisi

Yönetilen Tezler
Yüksek Lisans Tezleri
  • Tuğçe GÖKSU, (2022), "Beyin kan damarlarının derin öğrenme sinir ağları kullanılarak analizi", (Eş Danışman)
  • Ayhan SARI, (2022), "Evrişimsel Sinir Ağları ile Cilt Hastalık Görüntülerinin Sınıflandırılmasında Transfer Öğrenme Yönteminin Etkinliğinin Araştırılması"
Yayınlar
Makale
  • Uluslararası hakemli dergilerde yayınlanan makaleler
  • AYDIN, M , ERDEMİR, G . (2017). An Object Detection and Identification System for a Mobile Robot Control. Balkan Journal of Electrical and Computer Engineering, 5 (2), 73-76. DOI: 10.17694/bajece.336480
  • B. Morova, N. Bavili, O. Yaman, B. Yigit, M. Zeybel, M. Aydın, B. Dogan, R. Kasztelanic, D. Pysz, R. Buczynski, and A. Kiraz, "Fabrication and characterization of large numerical aperture, high-resolution optical fiber bundles based on high-contrast pairs of soft glasses for fluorescence imaging," Opt. Express 27, 9502-9515 (2019)
  • F. Eren, M. Aslan, D. Kanarya, Y. Usalli, M. Aydin, B. Kiraz, O. Aydin, A. Kiraz, "DeepCAN: A Modular Deep Learning System for Automated Cell Counting and Viability Analysis," in IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2022, doi: 10.1109/JBHI.2022.3203893.
  • Aydın M, Uysallı Y, Özgönül E, Morova B, Tiryaki F, Firat-Karalar EN, Doğan B, Kiraz A. An LED-Based structured illumination microscope using a digital micromirror device and GPU accelerated image reconstruction. PLoS One. 2022 Sep 9;17(9):e0273990. doi: 10.1371/journal.pone.0273990. PMID: 36084054.
  • Saddam Heydarov, Musa Aydin, Cagri Faydaci, Suha Tuna, Sadullah Ozturk, "Low-cost VIS/NIR range hand-held and portable photospectrometer and evaluation of machine learning algorithms for classification performance", Engineering Science and Technology, an International Journal,Volume 37, 2023,ISSN 2215-0986,https://doi.org/10.1016/j.jestch.2022.101302.
  • Ketabchi, A. M., Morova, B., Uysalli, Y., Aydin, M., Eren, F., Bavili, N., Pysz, D., Buczynski, R., & Kiraz, A. (2024). Enhancing resolution and contrast in fibre bundle-based fluorescence microscopy using generative adversarial network. Journal of Microscopy, 1–7. https://doi.org/10.1111/jmi.13296
  • Kuş, Z., Kiraz, B., Göksu, T.K., Aydın, M., Özkan, E., Vural, A., Kiraz, A. and Can, B., 2023. Differential evolution-based neural architecture search for brain vessel segmentation. Engineering Science and Technology, an International Journal, 46, p.101502.
  • Selcuk, Sahan Yoruc, Xilin Yang, Bijie Bai, Yijie Zhang, Yuzhu Li, Musa Aydin, Aras Firat Unal et al. "Automated HER2 Scoring in Breast Cancer Images Using Deep Learning and Pyramid Sampling." BMEF (BME Frontiers) (2024).
  • Yang, Xilin, Bijie Bai, Yijie Zhang, Musa Aydin, Yuzhu Li, Sahan Yoruc Selcuk, Paloma Casteleiro Costa et al. "Virtual birefringence imaging and histological staining of amyloid deposits in label-free tissue using autofluorescence microscopy and deep learning." Nature Communications 15, no. 1 (2024): 7978.
  • Ulusal hakemli dergilerde yayınlanan makaleler
  • AK, Ayça , TOPUZ, Vedat , AYDIN, Musa . "Controlling of Five Axis Manipulator with Turkish Voice Commands Using Microcontrollers". Marmara Fen Bilimleri Dergisi 30 / 4 (December 2019): 453-459. http://dx.doi.org/10.7240/marufbd.392671
  • Diger Makaleler
Bildiri
  • Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceeding) basılan bildiriler
  • U. CEKMEZ, M. OZDIGINAN, M. AYDIN, O. K. SAHINGOZ: “UAV Path Planning with Parallel Genetic Algorithms an CUDA Architecture”, The 2014 International Conference of Parallel and Distributed Computing, London, U.K., 2014.
  • Z. YILDIZ, M. AYDIN, G. YILMAZ: “Parallelization of Bitonic Sort and Radix Sort Algorithms on Many Core GPUs”,10 th International Conferance on Electronics, Computer and Computation, 2013.
  • M. AYDIN, R.BENVENİSTE: “Hands On Arm Based Embedded System Experiments Using OmapL138 Experimenter Kit” IEEE EDERC, 2012.
  • AYDIN, Musa; KUGU, Emin. Finding smoothness area on the topographic maps for the unmanned aerial vehicle's landing site estimation. In: Digital Information and Communication Technology and its Applications (DICTAP), 2016 Sixth International Conference on. IEEE, 2016. p. 183-186.
  • M. ALKAN and M. AYDIN, “Gerçek Türkiye Verileri Kullanılarak Yol Bulma Algoritmalarının Simülasyonu ve Karşılaştırılması,” presented at the 2018 International Conference on Artificial Intelligence and Data Processing (IDAP) , 2018.
  • M. Aydın, Berna Kiraz, A. Kiraz, B. Doğan, “Digital Holograms obtained using Advanced Evolution Strategy”, 6th International Conference on Control Engineering & Information Technology CEIT 2018.
  • Aydin, M., Uysallı, Y., Özgönül, E., Morova, B., & Kiraz, A. (2020, February). An LED-based super resolution GPU implemented structured illumination microscope. In Single Molecule Spectroscopy and Superresolution Imaging XIII (Vol. 11246, p. 1124610). International Society for Optics and Photonics.
  • Koçak, T., Aydın, M., & Kiraz, B. (2021, September). Empirical Comparison of Deep Neural Networks for Brain Vessel Segmentation. In 2021 6th International Conference on Computer Science and Engineering (UBMK) (pp. 751-756). IEEE.
  • Aydın, M., Kiraz, B., Eren, F., Uysallı, Y., Morova, B., Ozcan, S. C., ... & Kiraz, A. (2022, February). A Deep Learning Model for Automated Segmentation of Fluorescence Cell images. In Journal of Physics: Conference Series (Vol. 2191, No. 1, p. 012003). IOP Publishing.
  • A. Sarı, A. Nizam and M. Aydın, "Implementing of Transfer Learning Method in the Diagnosis of Skin Diseases with Convolutional Neural Networks," 2022 7th International Conference on Computer Science and Engineering (UBMK), 2022, pp. 142-147, doi: 10.1109/UBMK55850.2022.9919472.
  • Kuş, Z., Aydın, M., Kiraz, B., Can, B. (2023). Neural Architecture Search Using Metaheuristics for Automated Cell Segmentation. In: Di Gaspero, L., Festa, P., Nakib, A., Pavone, M. (eds) Metaheuristics. MIC 2022. Lecture Notes in Computer Science, vol 13838. Springer, Cham. https://doi.org/10.1007/978-3-031-26504-4_12
  • Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan bildiri kitabında basılan bildiriler
  • M. AYDIN, E. ÇELİK : “Yapay Sinir Ağları Kullanarak Assamese Karakter Tanıma”, IEEE SİU, 2013.
  • M. AYDIN, E. ÇELİK : “Destek Vektör Makineleri ve Yapay Sinir Ağları Kullanarak Türkiye’deki Tehlikeli Hava Durumlarının Uydu Görüntüleri ile Erken Tespiti ”, IEEE SİU, 2013.
  • M. ISTANBULLU, M. AYDIN, R. BENVENISTE, O. N. UCAN, R. JENNANE: “Yapay Sinir Ağları ve Destek Vektör Makineleri Kullanarak Kemik Erimesi Hastalığının Erken Teşhisi”, IEEE SİU, 2012.
  • AYDIN, Musa, et al. Safe landing site detection using SRTM data for the Unmanned Aerial Vehicles. In: Signal Processing and Communication Application Conference (SIU), 2016 24th. IEEE, 2016. p. 2125-2128.
  • Musa Aydin, Alper Kiraz, Yiğit Uysallı, Ekin Özgönül, Berna Morova, “Image Reconstruction in Frequency Space using Sinusoidal Illumination Patterns”,2020 28th Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU) Gaziantep, 2020
  • M. Aydin, "Medical Image Segmentation Using Deep Neural Networks," 2021 29th Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), 2021, pp. 1-4, doi: 10.1109/SIU53274.2021.9477838.
  • Z. Kuş and M. Aydin, "Removal of Gaussian Distributed Noise in Images with Deep Neural Network Models," 2022 30th Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), 2022, pp. 1-4, doi: 10.1109/SIU55565.2022.9864913.
  • Aydın, Musa, Zeki Kuş, Berna Kiraz, Reyhan Hoşavcı, and Alper Kiraz. "The Effect of Class-Weighted Penalization in Deep Neural Networks for Multi-Class Cell Segmentation." In 2024 32nd Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), pp. 1-4. IEEE, 2024.
  • Aydın, Musa, Zeki Kuş, and Zeliha Kaya Akçelik. "A Hybrid CNN-Tree Based Model for Enhanced Image Classification Performance." In 2024 32nd Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), pp. 1-4. IEEE, 2024.
  • Kuş, Zeki, Berna Kiraz, Musa Aydın, and Alper Kiraz. "PBC-NAS: Neural Architecture Search for Peripheral Blood Cells Classification." In 2024 32nd Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), pp. 1-4. IEEE, 2024.
  • Diger Bildiriler
  • Musa Aydın, Berna Morova, Buket Doğan, Alper Kiraz. "Yapılandırılmış Aydınlatma Mikroskobisi Tekniği ve Fiber Demeti Kullanılarak Yüksek Çözünürlüklü Mikroendoskop Geliştirilmesi". BIOMED 2018 (Özet Bildiri/Poster).
  • Musa Aydın, Buket Doğan, Yiğit Uysallı, Ekin Özgönül, Alper Kiraz, “Yapılandırılmış Aydınlatma Mikroskopisi ve Uygulanması”, 21. Ulusal Optik, Elektro-Optik ve Fotonik Çalıştayı, İstanbul (2019). (Poster Sunumu)
Kitaplar
  • Yazılan Uluslararası kitaplar veya kitaplarda bölümler
  • Diger kitaplar
Projeler
  • TÜBİTAK 1005 Project 118F529 – A High Resolution Microendoscope Employing Structured Light Illumination Through a Fiber Bundle (2019-2021) Fiber Demeti Ve Yapılandırılmış Aydınlatma Kullanan Yüksek Çözünürlüklü Mikroendoskop - Araştırmacı
  • GPU TABANLI PARALEL HESAPLAMA TEKNİĞİ İLE LED TABANLI VE DMD UYGULAMALI YAPILANDIRILMIŞ AYDINLATMA KULLANAN BİR GÖRÜNTÜLEME SİSTEMİNİN OLUŞTURULMASI(FEN-C-DRP-110618-0347 )-Marmara Universitesi Bilimsel Arastirma Projeleri Fonu --- Arastirmaci
Aldığı Ödüller
  • The World Congress on Engineering 2014, London, U.K, Certificate of Merit for The 2014 International Conference of Parallel and Distributed Computing
Dersler
Verdiği Dersler
Sınıf Ders Adı Program Fakülte
1 Bilgisayar Programlama I Bilgisayar & Biyomedikal Müh. Mühendislik Fakültesi
2 Mikroişlemci Sistemleri Bilgisayar & Biyomedikal Müh. Mühendislik Fakültesi
2 Data Structures (Veri Yapıları) Bilgisayar Mühendisliği Mühendislik Fakültesi
4 Paralel Programlama(2015-2016 bahar) Bilgisayar Müh. Mühendislik Fakültesi
2 Bilgisayar Programlama III Bilgisayar Müh. Mühendislik Fakültesi
İletişim
  • AdresSütlüce Mah. Halıcıoğlu Kavşağı No:12 Beyoğlu / İstanbul - Haliç Yerleşkesi
İletişim Formu

Gönder